人與寶可夢共生的城市「萊姆市」。
萊姆市聞名的「偵探搭檔」提姆和皮卡丘，正一邊挑戰在城市發生的各種事件，一邊尋找提姆失蹤的父親哈利。
就在這個過程中，發生了「寶石竊盜事件」。
這對搭檔將以這個事件作為契機，開始著手解開巨大的謎團。

為何哈利失蹤了？
為何萊姆市會發生由寶可夢引發的事件？
為何皮卡丘只能和提姆溝通？
最重要的是……提姆和皮卡丘能否找到哈利呢？