人类与宝可梦共生的城市，“莱姆市”。
蒂姆和皮卡丘是莱姆市著名的“侦探搭档”，他们一边挑战城市里发生的各种事件，一边寻找蒂姆失踪的父亲哈利。
在这个过程中发生了“宝石盗窃案”，以这起事件为契机，他们开始接近巨大的谜团。

为什么哈利失踪了？
为什么在莱姆市会发生由宝可梦引发的事件？
为什么只有蒂姆能听懂皮卡丘的话？
以及，蒂姆和皮卡丘到底能否找到哈利？