人間とポケモンが共生する街「ライムシティ」。
ライムシティで名の知れた「探偵コンビ」のティムとピカチュウは、街で起こるさまざまな事件に挑みながら、行方不明となっているティムの父親・ハリーを捜していた。
そんな最中に起こった「宝石盗難事件」。この事件をきっかけに、2人は大きな謎に迫っていくことになる。

なぜ、ハリーは姿を消したのか？
なぜ、ライムシティでポケモンによる事件が起こっているのか？
なぜ、ピカチュウはティムとだけ喋ることができるのか？
そして、ティムとピカチュウは、ハリーを見つけることができるのか。