故事的舞台位于流传着诸多神话，坐拥丰富大自然的“神奥地区”。以在湖畔边被发现，博士所遗落的手提箱为契机，与宝可梦们交织出的故事开始转动。
经历各式各样的邂逅与困难后，等待着主人公的会是什么？以完成宝可梦图鉴为目标，在神奥地区的冒险就此展开！