後篇：藍之圓盤
留學到盛行寶可夢對戰的「藍莓學園」當交換學生
在「後篇：藍之圓盤」中，主角將會留學到學院的姊妹校「藍莓學園」當交換學生。有別於歷史悠久的學院，藍莓學園是近年新設立的學校，特別致力於寶可夢對戰的教育。令人驚訝的是，這間學校的絕大部分其實都位於海中。主角將會在這裡上課，與當地的學生們交流，體驗別有特色的校園生活。
重現了多種自然環境的海中庭園
「生態巨蛋」
在「後篇：藍之圓盤」中，主角留學前往的藍莓學園校園裡有一座名為「生態巨蛋」的設施，人工創造出了適合寶可夢棲息的環境。在這座獨步全世界的海中庭園「生態巨蛋」中，一切環境都是為了要培育強大的訓練家而打造。
生態巨蛋中共有4個區域，各個區域都有著不同的地理特色和氣候，形成了各式各樣的自然環境。投影在生態巨蛋的牆壁與圓頂的人工天空，也會隨著時段和天氣展現出各種風貌。同時，各個區域的氣溫都受到嚴格的控制，隨著區域不同，棲息的寶可夢也截然不同。
「第零區」中還有不為人知的地方……？
在位於帕底亞地區中央的帕底亞巨坑「第零區」裡面，似乎有還沒被發現的地方。在「後篇：藍之圓盤」的冒險旅途中，將會回到帕底亞地區，並造訪這個場所。「零之秘寶」究竟是什麼……？而太樂巴戈斯又蘊藏著什麼樣的力量……？敬請親眼來確認故事的真相。
