故事的舞台位於流傳著諸多神話，坐擁豐富大自然的「神奧地區」。以在湖畔邊被發現，博士所遺落的手提箱為契機，與寶可夢們交織出的故事開始轉動。
經歷各式各樣的邂逅與困難後，等待著主角的會是什麼？以完成寶可夢圖鑑為目標，在神奧地區的冒險就此展開！