舞台は、多くの神話が残る自然豊かな地、「シンオウ地方」。湖のほとりで見つけた、博士の落とし物のカバンをきっかけに、ポケモンたちとの物語が動き出す。
さまざまな出会いと困難の先に、主人公を待ち受けるものとは？ ポケモン図鑑の完成を目指し、シンオウ地方での冒険が始まる！