『とうぞくと1000びきのポケモン』の舞台は、今年の映画の舞台と同じ「ダイヤモンド鉱国」。
物語は、とうぞく団のマリリンとライオットが「ダイヤモンド鉱国」の“2つの秘宝”である「ゆうひのダイヤ」と「ほしぞらのダイヤ」を奪ったところからスタートする。
プレイヤーは、「ダイヤモンド鉱国」のメレシーのダイイから“2つの秘宝”を取り返すことを依頼され、旅に出発するのだが…。
本ソフトをスタートする前に、表示される機能“えいがニュースアンテナ”。
本機能は、プレイしていると、一定の間隔で映画に関する情報が届くようになっている。また、自分が知らない情報を他のプレイヤーが持っていれば、すれちがうことで、さらに情報が増えるのだ！
どんどんすれちがって仲間のポケモンを増やすとともに、ポケモン映画の情報もチェックして、どんどん詳しくなろう！
ゲームをスタートする前に、映画のさまざまな情報を教えてくれるぞ！
映画の情報だけではなく、たまにポケモンの情報を伝えてくれるぞ！
「ダイヤモンド鉱国」。
それは、地下深くにあり、“ほうせきポケモン”メレシーたちが平和に暮らす美しい国。この国には、巨大なダイヤモンド「聖なるダイヤ」があるという。
聖なるダイヤは鉱国を維持する大切なエネルギー源であり、長い間その役割を果たしてきた。
そして、そのダイヤを作り出せるのは、この鉱国のお姫様であるディアンシーだけ。だが彼女には、まだその力が備わっていなかった。
そして・・・・・・時は迫る。「聖なるダイヤ」の命が、今まさに尽きようとしているのだった。
このままでは、この美しい鉱国は滅んでしまう！
そんなとき、ディアンシーはサトシとピカチュウに出会い、聖なる力を求めて「生命のポケモン」ゼルネアスを探す旅に出る。
道中、ダイヤモンドを作ることができるディアンシーを狙って、女盗賊「マリリン・フレイム」や忍者盗賊「ニンジャ・ライオット」が襲いかかる。
さらに、ロケット団も加わり、ディアンシーは大ピンチ!!
そこに、突如現れた、謎の親子「アルガスとミリス」の助けもあり、なんとか旅を進めていくディアンシーとサトシたち。
そして、今までお姫様として生きてきたディアンシーは、はじめての友情に触れ、少しずつ成長しながら強くなっていく――。
こうして旅を続けた一行は、ゼルネアスが放つフェアリーオーラに導かれ、かつてあらゆる生命が消滅し禁断の土地となった「オルアースの森」に、たどり着く。
迫りくる危機!!
はたしてディアンシーは、自分の国を救うことができるのか？ そして、サトシとピカチュウの運命は!?
