まずは、リーダーとなるポケモンを、ハリマロン・フォッコ・ケロマツから選択しよう。
じつは、このポケモンの選択が、攻略に関係してくることになるぞ！
『とうぞくと1000びきのポケモン』は、ニンテンドー3DSの「すれちがい通信」機能を使って遊ぶゲーム。
本ソフトを持ったユーザー同士が「すれちがい通信」を行うことで、仲間となるハリマロン・フォッコ・ケロマツが増えていくぞ！ バトル終了後は、何匹かのポケモンは帰ってしまうので、「すれちがい通信」を止めてしまうと、どんどんポケモンが減ってしまう。ゲームをクリアするまで、どんどん「すれちがい通信」を続けよう！
すれちがいが少ないと、ポケモンも少ないが、
どんどん、すれちがえると、
すごい数のポケモンたちが集まった！
ポケモンの大群で、勝利を勝ち取れ！
すれちがって増えるポケモンは、その人が最初にリーダーとして選んだポケモン。
つまり、たまたますれちがった人が全員、「ケロマツ」を選んでいたとしたら、「ケロマツ」しか増えないことになってしまうぞ！
こういう事態を避けるためにも、いっぱいすれちがおう！
「すれちがおう！」といっても、なかなかうまくいかない場合は、ニンテンドー３DSを持ち歩くことで貯まるゲームコインを使用して、ポケモンを増やすことができるぞ！
貯まったゲームコインを使用すると、
よし、フォッコが増えた！
ゲームコインを使用してポケモンを増やすことができるが、ハリマロン・フォッコ・ケロマツすべてを自由に増やせるわけではない。
増やせるのは、最初にリーダーとして選んだポケモンのみ。
すれちがいでしか仲間にならないポケモンを温存してゲームを進めるのも、攻略の重要なポイントだ。
このゲームは、とうぞく団が奪った宝物を奪い返すことが目的。
プレイヤーは宝物を奪い返す途中で、多くのとうぞく団のポケモンとバトルをするぞ！
1つのステージに、何匹かのポケモンが立ちはだかるので、それらすべての妨害をくぐり抜け、宝物を取り返そう！
立ちはだかるとうぞく団は、この夏の映画に登場するマリリンとライオット。マリリンはマフォクシー、ライオットはゲッコウガがパートナー。プレイヤーが宝物を取り返すためには、2人のポケモンを倒さないといけないぞ！
ステージ1ではヤンチャム、ステージ2ではマーイーカが、行く手を阻んでくるぞ！
