由于“超Z队”大展身手，密阿雷市恢复了往日的和平。
然而市里却发生了新的异变——神秘的扭洞出现了。
与此同时，主人公遇到神秘的少女安馨儿，以及喜欢恶作剧的幻之宝可梦“胡帕”。
只要胡帕发挥不可思议的力量，神秘的扭洞就会改变模样，变为进入广阔异次元的入口。
主人公一行将进入其中。
而他们所到达的是一个叫做“异次元密阿雷”的神秘空间。
那里很像密阿雷市，却又不是密阿雷市，栖息着与密阿雷市的宝可梦生态不同的强大宝可梦。
异次元密阿雷究竟是什么？在前方等待主人公一行的又是什么？ 超Z队的新故事即将开始。
