威脅城市和平的「失控超級進化」

在密阿雷市發現有野生寶可夢會超級進化的異狀，被稱為「失控超級進化」。一般來說，只有在訓練家讓可以超級進化的寶可夢攜帶「超級石」並且與寶可夢之間擁有牽絆時，才有辦法讓寶可夢超級進化。然而，密阿雷市一部分的寶可夢卻因為「失控超級進化」而看起來十分痛苦地四處大鬧。
主角所屬的超Z隊會受到推動密阿雷市都市再開發的闊星公司委託，協助調查這個異狀。和超Z隊的夥伴們同心協力與各式各樣的失控超級進化寶可夢對戰，平息失控的寶可夢吧。平息失控超級進化的寶可夢們之後，還能獲得超級石。