調查寶可夢，或解決人們的煩心事吧！

擔任寶可夢研究所代理所長的茉蜜姬。自從都市再開發開始，密阿雷市裡的寶可夢急速增加。茉蜜姬正在研究寶可夢增加的傾向和增加的原因，並且會委託主角也協助調查。調查內容包含了透過捕捉或進化等方法找到各種寶可夢，並將牠們登錄到寶可夢圖鑑，或是獲得超級石將超級進化寶可夢登錄到超級進化圖鑑等。達成茉蜜姬的委託，獲得「招式學習器」等報酬吧。讓寶可夢學會無法透過提升等級學會的招式，能夠更有效地戰鬥。

瑪琪艾兒是偵探事務所的偵探。成為她的助手，幫忙尋找寶可夢或失物，又或是當個寶可夢對戰的對手。去傾聽密阿雷市居民不論小孩或大人的煩心事，和寶可夢一起幫忙解決問題吧。