強力なトレーナーたちに挑もう！
プレイヤーは、フェルムリーグに挑戦していく最中で、多くのトレーナーと闘っていくことになるぞ！
フェルムリーグは、グリーンリーグ・ブルーリーグ・レッドリーグ・クロマリーグの4つのリーグに分かれていて、各リーグにはそれぞれ強力なリーグマスターが存在している。フェルムリーグでは、リーグチャンピオンを目指して闘っていくことになるのだ！
トラヴィス
グリーンリーグのリーグマスター。
パートナーはガブリアス。
キース
ブルーリーグのリーグマスター。
パートナーはスイクン。
エリン
レッドリーグのリーグマスター。
パートナーはテールナー。
グレン
クロマリーグのリーグチャンピオン。
パートナーはカイリキー。
アリッサ
ピカチュウをパートナーにするバトルトレーナー。フェルムリーグで、いつか出会うかもしれない。
ダークミュウツーの秘密も明らかに！
アーケード版ではすべてが明らかにされていないダークミュウツーの秘密も、フェルムリーグへの挑戦の中で明らかにされていくぞ！
ダークミュウツーの秘密の鍵を握る、謎の3人の人物を紹介！
ウォルター
白髪の謎の人物。
パートナーはゲンガー。
ノーラ
妖しげな謎の女性。
パートナーはサーナイト。
ジェイク
落ち着いた雰囲気の謎の男性。
パートナーはルカリオ。
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