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神速のゲノセクトミュウツー覚醒

ストーリー

ポケモンマスターをめざすサトシとピカチュウたちは、旅の途中、大都会ニュートークシティで、ポケモンたちのために設計された最新の居住施設「ポケモンヒルズ」に立ち寄る。施設のすばらしさに驚くと同時に楽しむサトシたち。その目の前に１匹の見慣れないポケモンが現れる。それは、３億年前に絶滅し、人間の手によって現代に蘇ったポケモン、ゲノセクトだった。
昔とあまりにも違う世界にとまどい、「ウチニカエリタイ……」と、テレパシーでサトシたちに語りかけてくるゲノセクト。同情したサトシは、帰るべき場所をいっしょに探そうとする。が、彼らを引き裂くように突然赤いゲノセクトが現れ、サトシたちにすさまじいエネルギー弾を発射する。その絶体絶命のサトシたちを救ったのは、なんと伝説のポケモン、ミュウツーだった。「ゲノセクトは、本来はこの世界にいるはずのないポケモンなのです。私と同じように……。そして、いまの彼らには、まわりのすべてが敵に見えているのです」
人間に作り出されたミュウツーは、同じように人間に無理やり現代に蘇らされたゲノセクトの立場を理解し、なんとか力になろうとする。だが、その想いは届かず、ついに２匹は相対することに！
はたしてゲノセクトたちの願いはかなうのか？また、そこで覚醒したミュウツーが見せる本当の力とは？そして、運命に導かれた激闘の結末は？

シーン

活躍したポケモン

ミュウツー：
ミュウの遺伝子を組み替えることによって生み出されたポケモン。戦う能力を最大限まで高めている。
赤いゲノセクト：
プラズマ団に改造された、３億年前にいたポケモン。すばやく移動する時は「高速飛行形態」に姿を変える。赤いゲノセクトは、そのリーダー的な存在。通常のゲノセクトより強く、スピードが速い。
ゲノセクトたち：
プラズマ団に改造された、３億年前にいたポケモン。赤いゲノセクトとともに蘇った。４体それぞれの背中の砲台にセットされているカセットが異なる。
ヤミラミ：
ポケモンヒルズに住むポケモン。サトシたちと仲良くなる。