在前往各帮班的基地挑战时，会有众多手下陆续派出宝可梦来阻碍主人公前进。只要在限制时间内大量地打倒手下的宝可梦，就能与老大一决胜负。使用本作新登场的便利功能“自主对战”，接连不断地打倒手下们的宝可梦吧。
只要在和手下们怒涛般的对战中制服对方，老大就会搭着改造车“天星队车”出现在主人公的面前。在与老大的宝可梦对战中，似乎“天星队车”也会来干扰。击败老大的同行宝可梦与天星队车，打倒所有老大吧。
