物語の舞台は、豊かな自然に溢れ、人とポケモンがともに暮らすパルデア地方。

「新入生や転入生に向けて、アカデミーのすばらしさを伝える動画を作っていただきたい」
ある日、アカデミーの校長・クラベルから声をかけられたのは3人の生徒たち。

フルートが上手だが演奏会のプレッシャーから逃げ出したい、ひかえめなオハラ。
ポケモンバトルが大好きで打倒ネモに燃える、いじっぱりなアリキス。
特ダネスクープにこだわるあまり、みんなに迷惑をかけてしまう、むじゃきなホーマ。

自分のことで精一杯な彼らは、どこかかみ合わない。
だが、ポケモンと向き合い成長しながら、少しずつ3人の息が合っていく……。