ＭＺ団（エムゼット団）の活躍により、平穏を取り戻したミアレシティ。
しかし街では、謎のひずみが発生する新たな異変が起こっていました。
時を同じくして、主人公は謎の少女アンシャと、いたずら好きな幻のポケモン「フーパ」に出会います。
フーパが不思議な力を発揮すると、謎のひずみは姿を変え、大きな異次元への入口に。
主人公たちはその中へ飛び込んでいきます。 たどり着いた先は、ミアレシティのようでミアレシティではない不思議な場所、「異次元ミアレ」でした。
そこには、ミアレシティとは異なる生態の、強力なポケモンたちが生息しています。
異次元ミアレとは一体何なのか？進んだ先に待ち受けるものとは──？
エムゼット団の新たな物語が始まります。
