ストーリー｜特集：『ポケットモンスターハートゴールド・ソウルシルバー』公式サイト

ジョウト地方の小さな町・ワカバタウンに住むキミは、近所に住むポケモン研究家のウツギ博士からポケモンを１匹もらって冒険に旅立つことになる。さまざまな人々、ポケモンとの出逢いがキミを待っているぞ！

３年前にカントー地方で活動していた、ポケモンを使って悪事を働く組織「ロケット団」が再び活動を再開した。彼らは何を企んでいるのだろうか？旅の途中で事件に巻き込まれることになったキミは、ロケット団を退けることができるだろうか!?

冒険の先々では、強力なポケモントレーナーが待ち受けるポケモンジムに挑むことになる。ポケモンリーグに認められたジムリーダーたちに挑戦し、勝利の証「バッジ」を全て集めよう！さあ、究極のポケモントレーナーを目指し、ジョウト地方の冒険に出発だ！

冒険の舞台はジョウト地方だけではない！　殿堂入り後に、『ポケットモンスターファイアレッド・リーフグリーン』の舞台でもあった、カントー地方に行けるようになるぞ！
カントー地方のポケモンを捕まえたり、ポケモンジムに挑戦することもできるのだ。

出現する野生のポケモンが、同じ場所でもソフトによって異なるほか、ストーリーがクライマックスを迎えた時、『ハートゴールド』ではホウオウ、『ソウルシルバー』ではルギアが、この２匹の伝説のポケモンが出現!!

その他にも、殿堂入り後に出会える伝説のポケモンに違いがあるぞ！