本作の新要素として、大きく上げられるのが、この「ポケモンタワー」。「ポケモンタワー」とは、ポケモンがポケモンに乗ることによって、1ターンの間に乗っているポケモン全員がわざが繰り出せるという、とても強力なれんぞくわざです。この「ポケモンタワー」をうまく使って、むずかしい不思議のダンジョンを突破しよう。ただし、敵ポケモンも「ポケモンタワー」を使用するので要注意！

『ポケモン不思議のダンジョン 冒険団シリーズ』では、ダンジョン内でレベルアップをしたり、ある条件を満たしたりすることでポケモンたちは進化をするんだ。さらに、仲間を倒されてしまったり、敵ポケモン同士の戦いの中で、相手もレベルアップをして進化したりしてしまうこともあるぞ。

本作でも、突然、敵ポケモンがたくさん現れるモンスターハウスが登場する。迫力３Dでのモンスターハウスは一味違う！！

さらに、あのアルセウスも登場するぞ。本作では仲間になるのか、下の画面にあるような姿の違いはいったい何なのか、謎は深まるばかりだ。