「ポケットモンスター ファイアレッド・リーフグリーン」の舞台はカントー地方。しかし、冒険の旅は、そこだけでは終わらない！ポケモンリーグへの挑戦が間近に迫った頃、主人公はカントー地方をはなれ、広大な海に浮かぶ島々を訪れることになる。「ナナシマ」と呼ばれるその島々には、隠された秘密や楽しい遊びがいっぱい！カントーでは見ることができない、めずらしいポケモンも出現するぞ！！

冒険の終盤、ポケモンコレクターのマサキとともに訪れる島。島に住む青年・ニシキが開発中の「ネットワークマシン」が完成すると、カントー地方だけでなく、ホウエン地方やオーレ地方ともポケモン交換ができるようになるのだ！他の島に渡るために必要な「レインボーパス」も、ここで手に入るぞ！

友だちといっしょにミニゲームを楽しめる島。ミニゲームは「ミニポケモンでジャンプ」と「ドードリオのきのみどり」の2種類。シンプルなゲームだが、熱くなることまちがいなし！また、「きわのみさき」に住むおばあさんは、フシギバナ・リザードン・カメックスが覚える究極の大わざを伝授してくれるぞ！

冒険に役立つ「きのみ」が、たくさん手に入る島。島のはずれにある「きのみのもり」は木々がうっそうと茂り、光があまり入ってこない。しかし、地面をよく見ると、他とは違う場所があちこちにある。目をこらして探せば、いろいろな種類の「きのみ」が見つかるはずだ！

「そだてやさん」がいる島。カントーの「そだてやさん」と違って、同時に2匹まであずかってくれる。2匹の組み合わせによっては、ポケモンのタマゴが見つかることがあるぞ。ポケモンリーグ四天王のひとり、カンナも登場する！？

島の北側には「みずのめいろ」があって、そのはずれに「かえらずのあな」と呼ばれる場所がある。ここは不思議な力がはたらく小部屋の迷路。四方の壁に開いている入口から奥へ進もうとしても、正しい入口を選ばないと、最初の部屋に戻されてしまうのだ！

「てんのあな」と呼ばれる遺跡がある島。遺跡のとびらは固く閉ざされ、中に入った者はまだいないという。とびらに刻まれた「点字」を読んで、遺跡の洞くつに入ろう。その奥深くにあるものは！？

ポケモンバトルの実力が試される「トレーナータワー」で知られる島。タワーは4階建てで、それぞれのフロアに、腕自慢のトレーナーたちが待ちかまえている。競うのは、全フロアのトレーナーを勝ちぬくのにかかった時間。「ポケモンバトルカードe+ ファイアレッド&リーフグリーン」とも連動するぞ。