ポケモンになったキミが、このゲームの主人公。そして、パートナーが、キミの冒険をそばでサポートしてくれるよ。
この主人公とパートナーは、20種類ものポケモンから選ぶことができる。冒険を始める前に、いくつかの質問に答えていくと、プレイヤー自身となる主人公とパートナーのポケモンが決定する。もちろん、主人公とパートナーは、自分の好きな2匹を選ぶこともできるぞ！

『ポケモン超不思議のダンジョン』には、なんと発見されたばかりの幻のポケモン、フーパも登場！
「いましめられしフーパ」と「ときはなたれしフーパ」の2つの姿を見ることができるのだ。ときはなたれしフーパだけが覚える技「いじげんラッシュ」が、この世界ではどんな強力な技になっているのか、乞うご期待！