ダンジョンはいくつものフロアで構成され、各フロア内には階段があって、その階段を通ると次のフロアへ進める。一度ダンジョンに入ると、クリアするか倒れるかしなければダンジョンから出られない！ また、次のフロアに進んでしまうと前のフロアには戻れないので、よく考えて先に進もう！

ダンジョンでは、主人公（自分）、仲間、敵の順番に1回ずつ行動して、全員が1回ずつ行動し終わったら、「1ターン」になる。主人公が行動しなければ、ほかのポケモンも行動しないので、じっくり考えて戦略を練ろう！

ポケモンにはHP（体力）があり、ダメージを受けると減っていき、「0」になると倒れてしまう。HPは、ターンが経過すると回復していく。そのほか、道具やわざを使っても回復することができる。
また、ダンジョンでターンが経過すると、ポケモンの「おなか」が減っていく。そして、おなかが「0」になると、ポケモンのHPも減ってしまうので、リンゴなどを食べて回復しよう！