この世界には、至るところに「不思議のダンジョン」と呼ばれるダンジョンが存在している。
「不思議のダンジョン」の最大の特徴は、入るたびにその形を変えるところ。一度冒険をしたダンジョンでも、改めて挑戦したときには、まったく別の形となっている。「不思議のダンジョン」には、冒険に役立つ道具やお宝が落ちているが、その種類や落ちている位置も、ダンジョンに入るたびに変わっていくぞ！
さらに、『ポケモン超不思議のダンジョン』では、これまでの『ポケモン不思議のダンジョン』シリーズをさらに超える仕掛けが待っているだけでなく、おなじみの「救助」もパワーアップして登場！
何度でも挑戦し、無限に楽しむことのできる「不思議のダンジョン」。その進化した姿を、『ポケモン超不思議のダンジョン』で体験しよう！