新たな舞台ホウエン地方へと旅を進めたサトシとピカチュウ。そこには未知なるポケモン、まだ知らぬライバル達とのバトルがあった。そこで出会ったのが、ハルカとマサトの姉弟。ハルカはトップコーディネーターを目指し、サトシ達と共に夢と希望の旅を始める。そして一行の旅の舞台は、一転カントー地方へ。サトシはバトルフロンティア制覇を、ハルカもまたポケモンコンテストへの出場を目指すことに。彼らの旅はまだまだつづいていくのであった…。