この世界の裏側にある、鏡のような不思議な世界……「反転世界」。そこはギラティナだけがすむ特殊な空間。その反転世界を舞台に、ディアルガとギラティナの壮絶なバトルが巻き起こった！
なぜ二体のポケモンは戦うことになったのか……。反転世界の驚くべき秘密とは!?

旅を続けるサトシとピカチュウたちの目の前に、見たこともないポケモンが現れた。それは、かんしゃポケモンのシェイミ。かわいくて、ちょっぴり生意気なシェイミには、ある秘密が隠されていた。
旅の途中、シェイミが遭遇する危機から、事態は思いもよらぬ展開に……。

この世界と反転世界、ふたつの世界を救うため、サトシが、シェイミが、最大の危機に立ち向かう！
ディアルガ、ギラティナ、レジギガス、そしてシェイミ……。ポケモンたちのバトルのゆくえは!?
あきらかになるシェイミの秘密、かつてない冒険のクライマックスに、想像を超える“美しき奇跡”が舞い降りる!!