ニャースが留守番をまかされたロケット団のひみつ基地。ここには何やら怪しげな仕掛けが盛りだくさん！ニャースはポケモンを自由に操れる「モンスターダンシングボール」を使い、ボスに気に入られようと大ハッスル！森で遊んでいたピカチュウたちは偶然このひみつ基地を発見し、とらわれのささやきポケモンゴニョニョを助け出そうとします。ところがひょんな事から「モンスターダンシングボール」が動き出し、ダンス、ダンスの大騒動に！さらに騒音好きのドゴームやルンパッパも加わってもう大変！！ニャース入魂のひみつ基地、一体どうなっちゃうの！？