だれにも知られていないひみつの場所＜ポケモン谷＞。ひょんなことがきっかけで、ピカチュウたちはディグダの穴の中に落ちて、ポケモンたちだけが暮らすこの谷に迷い込んじゃった。先に落ちたトゲピーをさがすためにやってきたことをポケモンたちに話して手伝ってもらうんだ。タマタマの巣の中にトゲピーを発見！でも、トゲピーが見つかったかわりに６個目のタマタマがみあたらない。今度はみんなでタマタマをさがしに「たんけん」に出発！だけど、みつからなくてタマタマの巣に戻ってきたピカチュウたち。そんな時、ポケモン谷に嵐がやってきた！雷がとどろいて、突風に飛ばされそうになって…タマタマの巣を守るためにみんなおおわらわ。一体、タマタマは仲間と無事会えたのかな？